De los conventos que tuvo la Villa de Medinaceli, el único que se mantiene aún física y espiritualmente es el de Santa Isabel. Conjunto hermano en orden y tiempo de construcción del de San Francisco. Sobre él apenas existen estudios, y los documentos que existen son fundamentalmente de rentas y contabilidad, sin olvidar los libros de profesiones y tomas de hábito. Se carece de una adecuada documentación de carácter histórico y arquitectónico.

A mediados del siglo XVI se produjo un incendio que provocó la desaparición del coro y del archivo, siendo rehabilitados de nuevo bajo los auspicios económicos de su fundadora. La Comunidad de clarisas tuvo a lo largo de los primeros años de su historia diferentes enfrentamientos con el cabildo de la colegial, producidos fundamentalmente por los estipendios de enterramientos de los difuntos que se inhumaban en el nuevo convento. El problema quedó resuelto mediante un acuerdo, en mayo de 1569, entre el abad del cabildo y la madre abadesa. Se estableció que los únicos enterramientos que se realizarían en el convento serían el de los duques o familiares.

Con la invasión francesa, las monjas tuvieron que dejar el convento en noviembre de 1808 e iniciar una vida errante, acogidas por vecinos de loa pueblos cercanos y algunos familiares, y hasta 1814 no se regularizó su situación. El convento fue expoliado de los objetos de altar más valiosos.

En la segunda mitad del siglo XX y lo que llevamos del XXI, la comunidad ha tenido diferentes altibajos, similar al resto de comunidades, notándose la disminución de vocaciones femeninas, y la alta edad de las religiosas conventuales. El mantenimiento del edificio cuenta con la colaboración del Ayuntamiento, y actualmente subsisten gracias a la venta de dulces de reconocida calidad. Están adscritas en su vida religiosa al Convento madre de Soria, y cuentan en estos momentos con 10 religiosas.