Su origen se encuentra en la antigua Occilis, ciudad de los belos y municipio post-romano. Medinaceli está, desde el tiempo de la ocupación romana, sobre un cerro al este del que ocupó la Occilis celtíbera. Durante la dominación romana de Hispania, se empezaron a explotar las salinas en el valle (la extracción de sal continuó hasta 1994) y se construyó en la villa el interesante Arco Romano y la Fuente de la Canal, cuya excelente agua proviene de las mismas canalizaciones y depósitos de decantación que construyeron los romanos.

Medinaceli fue frontera divisoria entre cristianos y musulmanes; sus calles laberínticas son tan estrechas que en algunos casos se pueden tocar sus muros con los brazos extendidos. Fue un enclave estratégico de primera magnitud durante siglos, debido a su situación en la confluencia del valle del Jalón y el valle del Arbujuelo. A su alcazaba árabe parece que vino a morir, según algunos autores, el caudillo Almanzor en el año 1002, presuntamente en ruta de retirada de la batalla de Calatañazor. Igualmente, durante la Guerra de la Independencia española, el Empecinado se hizo fuerte en la plaza, ante el ataque de las tropas napoleónicas. Hacia 1129, el rey de Aragón, Alfonso I El Batallador, conquista definitivamente los territorios del alto Jalón, con Medinaceli y el enclave de Molina. Poco tiempo después pasaría a manos castellanas.

A la caída del Antiguo Régimen la localidad se constituye en municipio constitucional en la región de Castilla la Vieja, que en el censo de 1842 contaba con 398 hogares y 1600 vecinos. A mediados del siglo XIX, disminuye el término del municipio porque independiza a Salinas de Medinaceli. A finales del siglo XX  crece el término del municipio porque incorpora a Beltejar, Benamira, Blocona, Esteras de Medinaceli, Fuencaliente de Medinaceli y Salinas de Medinaceli. Fuencaliente incorpora a Azcamellas y a Torralba del Moral.

Medinaceli está compuesta por doce núcleos de población,  siendo el más conocido Medinaceli Villa, debido a su interés turístico ya que está declarada conjunto histórico-artístico y alberga numerosos Bienes declarados de Interés Cultural. Pero los demás barrios o núcleos de población también merecen una visita: Medinaceli Estación, Arbujuelo, Azcamellas,  Beltéjar, Benamira, Blocona, Esteras de Medinaceli,  Fuencaliente de Medinaceli, Lodares de Medinaceli, Salinas de Medinaceli y Torralba del Moral.

Merece la pena visitar todos ellos para conocer el entorno que rodea a la Villa de Medinaceli y además en muchos de ellos hay atractivos turísticos que visitar.

Medinaceli tuvo como primeros pobladores a los celtíberos, su asentamiento se encuentra en la Villa Vieja, paraje próximo a la actual Villa y en sus orígenes se le llamó Ocilis. Los romanos se asentaron en el cerro enfrentado al primer yacimiento alrededor del año 153 a. C. , varios testimonios se conservan de esta época: murallas, calzadas, mosaicos, salinas y el Arco Romano símbolo de la ciudad.

En la primavera del 712 llega Tarik a la Villa y la repuebla con bereberes. Las crónicas árabes la denominan Medina Talmeida y Medinat Salim, fue residencia del gobernador y capital de la Marca Media. La tradición cuenta que Almanzor, muerto de regreso a Córdoba tras saquear San Millán de la Cogolla en 1002, fue enterrado en Medinaceli con parte de su tesoro.

El esplendor de Medinaceli llegaría en el siglo XVI, tras la concesión del título de primer Duque de Medinaceli a Don Luis de La Cerda, iniciándose una etapa de esplendor cultural y arquitectónico que ha marcado, hasta nuestros días, el paisaje de este lugar.